Фамилия Зубарниус — редкий случай в русской ономастике, и её происхождение лежит не в крестьянской или дворянской среде, а в стенах духовных училищ и семинарий XVIII–XIX веков. Это искусственная, «семинарская» фамилия, образованная по латинской модели. Суффикс -ус — верный признак того, что фамилию придумали для ученика духовной школы, взяв за основу русское или украинское слово и «облагородив» его латинским окончанием. Так из обычной фамилии Зубарь или прозвища Зубарь получали Зубарнус, а затем, для благозвучия, — Зубарниус.

Основа фамилии — зубарь. Это слово в южных и западных говорах (украинских, белорусских, польских) означало человека с крепкими, крупными зубами. Но у слова есть и вторая, более выразительная сторона: «зубарь» — тот, кто умеет «зубрить», то есть заучивать наизусть, упорно долбить одно и то же. Для семинарской среды, где зубрёжка латыни и богословия была основой обучения, такое прозвище было особенно метким. Вероятно, будущий носитель фамилии получил её не за внешность, а за характер или способности к учёбе — как «зубрила», но в положительном, уважительном смысле старательного ученика.

В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, -ин, которые крестьяне и мещане получали от отца или деда, Зубарниус — фамилия-индивидуалист. Она не передавалась по наследству веками, а была дана конкретному человеку при поступлении в семинарию. Духовные школы часто меняли «неблагозвучные» фамилии учеников на более книжные, и Зубарь превращался в Зубарниуса. Это делало фамилию отличительным знаком человека образованного, пусть и низкого происхождения.

Географически фамилия тяготеет к западу Российской империи — к землям современной Украины, Беларуси и Польши, где были сильны униатские и католические традиции и где латинизация фамилий была обычной практикой. Встретить Зубарниуса в чисто великорусских губерниях маловероятно: там, скорее всего, остались бы при Зубареве или Зубарёве.

Сегодня фамилия Зубарниус — большая редкость. Она не имеет отношения ни к какому древнему роду, не связана с географическим названием. Её носитель — почти наверняка потомок того самого семинариста, который когда-то, с латинской грамматикой в руках, заслужил прозвище «зубарь» за своё прилежание.