Фамилия Зубарева — женская форма от Зубарев, а та, в свою очередь, образована от прозвища Зубарь. В «Ономастиконе» Степана Веселовского зафиксированы ранние носители этого прозвища: «Михил Иванович Зубарь Константинов, вторая половина XV в.». Там же упомянут и Зубака Федор Микулин, крестьянин 1564 года из Олонца, что указывает на устойчивую традицию именовать людей по зубам. Основа прозвища — «зуб» — могла указывать на человека с крупными, крепкими зубами или с широкой улыбкой, но не исключено, что прозвище отражало народные представления о зубах как символе силы, здоровья или даже агрессивности (например, «зубастый» в переносном смысле — бойкий, острый на язык).

Словообразовательная модель проста: к основе «Зубарь» добавили патронимический суффикс -ев, означающий принадлежность («чей?» — сын Зубаря). Суффикс -арь в исходном прозвище типичен для названий лиц по характерному признаку (рыбарь, писарь, козарь), так что Зубарь — это «человек с зубами».

В истории фамилии прослеживается и дворянская ветвь: некоторые Зубаревы внесены в родословные книги Тамбовской и Пензенской губерний. Однако основная масса носителей — крестьяне и мещане. В Памятных книгах и Книгах памяти разных регионов встречаются конкретные люди: портной Абрам Гурьянович Зубарев (р. 1870, Вятская губерния), записанный в Книгу памяти Алтайского края; Александр Александрович Зубарев (р. 1880) из Оренбурга, упомянутый в Книге памяти Республики Коми; Александр Васильевич Зубарев (р. 1894) из села Куеда Пермской области. Эти записи показывают, что к концу XIX — началу XX века фамилия была распространена от Вятки до Алтая, от Оренбуржья до Перми.

Среди известных носителей — шахматист Николай Михайлович Зубарев (1894–1951), военачальник Иосиф Егорович Зубарев (1907–1944), командир 340-й стрелковой дивизии, и физик-теоретик Дмитрий Николаевич Зубарев (1917–1992). Так что фамилия, начавшись с простого прозвища по зубам, дожила до научных и военных высот.