Фамилия Зубковская — типичный пример «географической» фамилии, образованной по модели, распространённой в западных и юго-западных землях Российской империи, а также в Польше. Её основа — не личное имя или профессия, а название населённого пункта. Выходец из села или деревни Зубково, Зубковка или Зубковск получал прозвище Зубковский, которое затем закрепилось за его потомками как фамилия. Таких топонимов в России и на Украине немало: Зубково есть в Смоленской, Тверской, Новосибирской областях, а Зубковка — в Житомирской и Черниговской.

Названия этих мест, в свою очередь, восходят к прозвищу или мирскому имени Зубок. В древнерусской антропонимике такие имена были нередки. Ономаст Степан Веселовский в своём труде упоминает несколько знатных носителей этого прозвища: Иван Фёдорович Зубко Плещеев (середина XVI века), князь Григорий Осипович Зубок Засекин, Иван Андреевич Зубок Колычев (начало XVII века). Прозвище Зубок могло указывать на внешность — человека с большими, крепкими зубами или широкой улыбкой. Но более вероятно, что это было охранительное мирское имя: по народным представлениям, называя ребёнка Зубком, родители желали ему крепкого здоровья и жизненной силы, как у здоровых зубов.

Суффикс -ск- в фамилии Зубковская — типичный признак дворянских или шляхетских фамилий, а также фамилий, образованных от названий имений. В польской традиции окончание -ский/-цкий было маркером принадлежности к шляхте, но в восточнославянской среде его постепенно переняли и другие сословия, особенно при переезде в города. Поэтому носители фамилии Зубковская могли быть как потомками мелкой шляхты, владевшей деревней Зубково, так и крестьянами, переселившимися из такой деревни и записанными по месту выхода.

Форма Зубковская — женский вариант фамилии. У мужчин она звучала бы как Зубковский. В русской традиции фамилии на -ский/-цкая склоняются как прилагательные, и в документах XIX века можно встретить варианты написания через «а» или «я» в окончании, что зависело от местной канцелярской нормы.