Фамилия Зубкин — одна из тех, что построена по самой ходовой в русском языке модели: основа прозвища плюс суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность («чей?»), поэтому Зубкин буквально значит «сын Зубка» или «человек из рода Зубка». В основе лежит прозвище Зубок. Так в старину могли окликнуть человека с приметными зубами — большими, крепкими, редкими или, наоборот, мелкими и частыми. Внешний признак был самым очевидным поводом для прозвища, и зубы, как одна из первых деталей, бросающихся в глаза, дали начало целому гнезду фамилий: Зубов, Зубарев, Зубков, Зубин.

Но не исключено, что прозвище Зубок имело и переносный смысл, связанный с народными представлениями. В крестьянской среде зубы нередко символизировали силу, выносливость, умение «прогрызть» трудное дело. Человека с крепкими зубами могли считать упорным и хватким, а прозвище Зубок — дать не столько за внешность, сколько за характер.

Фамилия Зубкин встречается в разных регионах, но заметно чаще — в центральных и южных областях России. При этом её «младшие» родственники, вроде Зубкова, распространены гораздо шире, что объясняется разницей в суффиксах: -ов присоединялся к основам на твёрдый согласный, а -ин — к основам на -а или -я. Зубок дал Зубкина, а Зуб (без уменьшительного суффикса) — Зубова. Таким образом, носитель фамилии Зубкин может с большой вероятностью считать своим предком человека, которого в округе знали именно как Зубка — вероятно, из-за заметной особенности или прозвищного характера.