Фамилия Зюськин образована от прозвища или имени Зюська. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Зюськин буквально значит «сын Зюськи» или «человек из семьи Зюськи». Основа Зюсь- — это краткая, уменьшительная форма, скорее всего, от канонического имени Зосима. В просторечии это имя нередко редуцировалось до Зось, Зюсь, Зюся, а суффикс -к(а) добавлял фамильярный оттенок. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть Зосимой, которого в быту называли Зюськой.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «зюзька» или «зюзя» — в некоторых говорах так называли человека, который постоянно мёрзнет, кутается, или просто неряху, чумазого. В псковских и тверских говорах «зюзя» — это «слякоть, мокрый снег», а «зюзькать» — «пачкать, марать». Если прозвище Зюська возникло из бытовой наблюдательности, то оно могло закрепиться за человеком неопрятным или, напротив, чрезмерно зябким. Однако первая версия — от имени Зосима — и исторически, и статистически правдоподобнее: в святцах это имя было распространено, а уменьшительные формы на -ька типичны для русской антропонимии XV–XVII веков.

Географически фамилия Зюськин тяготеет к центральным и северо-западным регионам России. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании прозвища или о том, что родоначальник был единственным носителем имени Зюська в своей волости. Среди однокоренных фамилий — Зюзин, Зюзиков, Зюськов — Зюськин выделяется именно суффиксом -ин, который характерен для фамилий, образованных от слов женского рода или от имён на -а/-я. То есть прозвище Зюська осознавалось как слово женского грамматического рода, хотя относилось оно, скорее всего, к мужчине — это обычная для русских фамилий морфологическая условность.

В дореволюционных переписях носители фамилии Зюськин чаще всего числились крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Это типичная «отчество в третьем поколении»: деда звали Зюська, сына — Зюськин сын, а внук уже получил фамилию Зюськин окончательно.