Фамилия Зюськина — это «материнская» форма на -ин, то есть в её основе лежит женское имя или прозвище Зюська. Такая модель образования (от имени матери, а не отца) встречается реже, чем патронимические фамилии на -ов/-ев, и часто указывает на то, что предок по мужской линии был либо рано утрачен, либо не играл роли в хозяйстве, а фамилию закрепили по матери. В русской традиции так могли назвать незаконнорожденного ребёнка или человека, жившего в доме матери.

Само имя Зюська — это уменьшительно-ласкательная форма от канонического женского имени Зоя. В народной речи имя Зоя сокращали до Зюська, как Мария — до Манька или Марья — до Маруська. Суффикс -к- в таких именах был не только уменьшительным, но и просторечным, бытовым. Таким образом, Зюськина буквально значит «дочь (или жена) Зюськи», то есть женщины по имени Зоя.

Версия о происхождении от мужского прозвища Зюська менее вероятна, но не исключена полностью. В некоторых говорах «зюзька» могло означать что-то мокрое, хлюпающее (от диалектного «зюзя» — пьяница, мокрица). Однако для женской фамилии на -ин гораздо естественнее женская основа, тем более что имя Зоя в XIX — начале XX века было распространено среди крестьянок и мещанок, особенно в центральных и южных губерниях России.

Географически фамилия Зюськина не частая. Она встречается разрозненно, без явного гнездового скопления, что типично для фамилий, образованных от личных имён, а не от названий сёл или профессий. Среди однокоренных — фамилии Зюзин, Зюзькин, но у них, скорее всего, мужская основа от прозвищ, тогда как Зюськина стоит особняком именно как матримониальная форма.