Фамилия Зюзин — одна из тех, где за привычным окончанием скрывается прозвище, у которого было несколько значений. В основе лежит слово «зюзя». В разных говорах так называли человека с разными чертами: в одних местах — плаксу или пьяницу, в других, например в вологодских говорах, — смирного и тихого. Иногда прозвище Зюзя давали картавому, неопрятному или неповоротливому человеку. Какое именно значение легло в основу фамилии конкретной семьи, теперь уже не установить — слишком много вариантов.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к прозвищу Зюзя добавили суффикс принадлежности -ин. Форма Зюзин буквально означала «сын Зюзи» или «человек из рода Зюзи». Такая модель типична для фамилий, произошедших от основ на -а/-я.

Самое раннее упоминание фамилии относится ко второй половине XV века. В трудах историка С. Б. Веселовского записан Зюзя Андрей Иванович Шетнев, боярин из Твери. От него, по данным исследователя, и пошли Зюзины. Это одна из немногих фамилий, где можно проследить конкретную точку отсчёта — тверское боярство XV века. Правда, это не значит, что все Зюзины произошли именно от того боярина: прозвище было распространённым, и фамилия могла возникать в разных местах независимо.

Слово «зюзя» имеет и другое, диалектное значение — «свинья». Эта версия менее популярна, но её тоже рассматривают ономасты. Если она верна, то прозвище могло быть дано по внешнему сходству или по привычкам. Однако большинство исследователей склоняются к «человеческим» характеристикам — плаксивости, тихости или неопрятности.

Фамилия Зюзин встречается в разных регионах России, но чаще — в центральных и северных областях, что совпадает с ареалом бытования самого прозвища. Среди носителей фамилии были и крестьяне, и дворяне — сословной привязки нет, что тоже говорит о широкой распространённости исходного прозвища.