Фамилия Абабкин рассказывает о своих носителях куда больше, чем кажется на первый взгляд. Её основа — слово «абабка», которым в юго-западных говорах (Смоленщина, Брянщина, Украина, Белоруссия) называли гриб подберёзовик или подосиновик. Прозвище Абабка получал либо сборщик и продавец грибов, либо человек, которого за коренастость или любовь к лесу прозвали по внешнему сходству с этим крепким грибом. Фамилию образовали по простой модели: к основе добавили притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — Абабкин, то есть сын Абабки.

Региональная привязка здесь — ключевая деталь. В центральных и северных областях России слово «абабка» было неизвестно, поэтому фамилия там почти не встречалась. Это с высокой вероятностью указывает на южнорусское или западнорусское происхождение рода. Исследователь фамилий Б. Унбегаун относил такую модель к характерным для украинско-белорусского пограничья, где прозвища часто давали по бытовым, «лесным» реалиям. В отличие от более распространённых «грибных» фамилий вроде Грибова или Боровикова, Абабкин сохранил чёткую географическую привязку.

Существует и другая версия: «абабкой» могли называть неповоротливого, медлительного человека. Однако первое толкование — прозвище по роду занятий — выглядит логичнее: такие прозвища давали чаще, чем по чертам характера, которые могли меняться. По сословному составу Абабкины, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — особым сословием на южных рубежах России. Фамилия не дворянская и не купеческая, она из народной гущи, от уличного имени или дела человека.

В написании стоит запомнить двойную «б»: она сохраняется во всех падежах (Абабкина, Абабкину) и отличает фамилию от ошибочных вариантов вроде «Абакин».