Фамилия Абидина — женская форма фамилии Абидин, и именно мужской вариант стоит разбирать в первую очередь. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я. Здесь основа — Абида, и суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Абидин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Абида.

Самая вероятная версия происхождения — от арабского имени Абид (Абид, ‘Абид), что значит «поклоняющийся», «раб Божий». В мусульманских семьях имя Абид распространено, а его русская адаптация легко дала форму Абида — как уменьшительно-бытовой вариант. В таком случае Абидин означает «сын Абиды». Подобная модель типична для регионов с сильным татарским, башкирским или кавказским влиянием: например, в Поволжье и на Северном Кавказе фамилии на -ин от арабских имен не редкость (Салихов → Салихин, Набиев → Набиин).

Есть и более редкая, но возможная версия — от прозвища Абида, связанного с диалектным глаголом «абидеть» (обижать) в древнерусском звучании. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, фамилия Абидина встречается в основном у народов, традиционно исповедующих ислам; во-вторых, слово «обида» дало бы скорее форму Обидин, а не Абидин. Поэтому арабский корень — основной.

Фамилия Абидина не относится к числу древних дворянских — её носители, скорее всего, выходцы из крестьянской или мещанской среды, где фамилии закрепились позже, в XIX веке. Географически она встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также среди татарской диаспоры в Средней Азии. В русских регионах фамилия редка, что дополнительно подтверждает её восточное происхождение.

Однокоренные фамилии — Абидов, Абиджанов, Абидович — строятся по той же модели от имени Абид, но с разными суффиксами, характерными для тюркских и иранских языков. Абидина же — русифицированная форма, влившаяся в общероссийский фамильный фонд.