Фамилия Афанасков — один из тех редких случаев, когда отчество застыло в форме, почти не изменившейся с XVII века. В её основе лежит каноническое имя Афанасий (в переводе с греческого «бессмертный»), которое в народе звучало как Афанас, Апанас или Опанас. Но ключевая особенность здесь не в корне, а в суффиксе: -сков. Это не типичное -ов или -ев, а более сложная модель, указывающая на происхождение от прозвища или имени, заканчивающегося на -ско. То есть сначала возникло прозвище Афанаско — уменьшительно-ласкательная форма от Афанасий в западнорусских или украинских говорах (ср. Ивашко, Петрушко). А уже от него образовали фамилию: «чей сын?» — Афанасков.

Такая словообразовательная цепочка — Афанасий → Афанаско → Афанасков — характерна для территорий, где в XVI–XVII веках активно смешивались великорусские и малорусские диалекты: южные области России (Курская, Воронежская, Белгородская), а также земли, позже вошедшие в Слободскую Украину. Носитель фамилии, скорее всего, был потомком крестьянина или казака, которого в документах записали по отцу — Афанаску. В отличие от фамилий на -ин (типа Афанасьин), эта форма закрепилась именно в мужском роде и не склонялась по женскому типу, что указывает на относительно позднюю фиксацию, уже после того, как фамилии стали наследственными.

Любопытно, что фамилия Афанасков почти не встречается в центральных и северных губерниях России, где преобладали формы Афанасьев или Афонасьев. Её география узка: она плотнее всего сидит в бывшей Воронежской губернии и на юге Тамбовской. Это позволяет предположить, что фамилия не получила широкого распространения из-за локального бытования прозвищной модели. В XIX веке носители Афанасковых в основном числились государственными крестьянами или однодворцами — сословием, которое занимало промежуточное положение между крестьянами и мелкими землевладельцами.

В написании фамилии есть вариативность: в старых метрических книгах можно встретить Афанасков и Афонасков, а также единичные случаи с двойным «с» — Афанасковъ. Современная орфография закрепила один вариант, но в устной речи ударение плавает: одни семьи настаивают на ударении на второй слог (АфанАсков), другие — на третий (АфанасКов). Ономастические словари, как правило, фиксируют ударение на «а» в суффиксе, но единого стандарта нет — это живая фамилия, не обкатанная литературной нормой.