Фамилия Афоненков происходит от народной формы крестильного имени Афанасий — Афоня. В переводе с греческого Афанасий означает «бессмертие». Однако в быту имя обросло уменьшительными вариантами, и Афоня — один из самых распространённых. От него с помощью суффикса -енк- образовали прозвище или отчество Афоненко, а уже затем — фамилию Афоненков.

Обратите внимание на суффикс -енков. Это типичная украинско-белорусская модель, где к основе на -енко добавляли русское окончание -ов. Такие фамилии часто возникали на стыке культур: в южнорусских губерниях, на Слобожанщине и в приграничных с Беларусью землях. Носитель фамилии Афоненков — скорее всего, потомок человека, которого в документах записали как «Афоненко», то есть сын или внук Афони. Позже, при переселении или смене административных границ, фамилия русифицировалась.

Встречается и более редкий вариант происхождения: от прозвища Афоня, данного не по имени, а по характеру или поведению. Но в подавляющем большинстве случаев основа — именно каноническое имя.

Фамилия не слишком распространена, но устойчиво бытует в Курской, Белгородской и Воронежской областях. Это ещё раз подтверждает её южнорусские корни.