Фамилия Афоненковы — один из вариантов, образованных от имени Афанасий. В переводе с греческого это имя означает «бессмертие», а в народной русской среде его сократили до Афони. От этой обиходной формы и пошла фамилия.

Обращает на себя внимание суффикс -енко. В русской ономастике суффикс -енко традиционно связывают с украинской и белорусской традицией фамилеобразования, где он указывал на потомка или сына: Афоненко — сын Афони. Это позволяет предположить, что корни фамилии находятся на территории современной Украины или Белоруссии. Позже, при переселении носителей в великорусские губернии, фамилия могла обрасти типичным русским окончанием -ов, что дало нам форму Афоненков (то есть «из рода Афоненко»).

Встречается и другой вариант фамилии — Афоненковы, во множественном числе, подчёркивающий принадлежность к целому роду или семейству. Такая форма часто фиксировалась в документах при переписи крестьянских семей.

Точное место и время возникновения фамилии Афоненков установить сложно: процесс закрепления фамилий растянулся на несколько столетий. Однако ясно, что перед нами не прозвище по ремеслу или внешности, а типичная «патронимическая» фамилия, названная по имени предка. В этом смысле она — живой свидетель того, как церковное имя Афанасий осваивалось в повседневном быту славянских народов.