Фамилия Афонюхина — женская форма, образованная от мужского варианта Афонюхин. Её происхождение напрямую связано с редкой суффиксальной моделью, которая сразу выделяет эту фамилию из ряда более привычных Афониных, Афонькиных или Афончиковых. Суффикс -юх- (в основе Афонюх-) в русских фамилиях встречается нечасто. В отличие от стандартного -ин или -ов, он обычно указывает на прозвищное или уменьшительно-ласкательное образование от имени с оттенком просторечия и фамильярности. Это не книжный, а живой, «домашний» суффикс, который редко проникал в официальные документы, что и объясняет редкость фамилии.

Основа — каноническое имя Афанасий, которое в народной речи давало множество производных форм: Афоня, Афонька, Афоняша. Форма Афонюха — один из таких вариантов, характерный для северных и северо-восточных говоров (архангельских, вологодских, вятских). Именно там суффикс -юх- был активнее, чем в центральных областях России. Так что Афонюха — это не полное имя, а обиходное прозвище для человека по имени Афанасий, которое в той среде звучало естественно и привычно.

Словообразовательная цепочка проста и прозрачна: Афанасий → Афонюха (прозвище) → Афонюхин («сын Афонюхи») → Афонюхина (дочь или жена Афонюхина). Фамилия закрепилась в крестьянской среде, скорее всего, среди черносошных (государственных) крестьян Русского Севера. В тех краях «уличные» фамилии на -их/-ых и -ин фиксировались раньше, чем у помещичьих крестьян центральной России, — крестьяне сами передавали их по наследству, без барской указки.

В написании Афонюхина сохранилась историческая «А-» вместо церковнославянского «Афа-». Это типично для народной этимологии: безударное «а» в первом слоге фамилии не редуцировалось, а закрепилось на письме в том виде, в каком звучало в говоре. Данная особенность отличает её, например, от фамилии Офонюхин, которая встречается в тех же регионах, но с другим диалектным произношением — через «о» в начале.

Однокоренные фамилии — Афонин, Афонькин, Афонцев — образованы от тех же корней, но с другими, более распространёнными суффиксами. Редкость суффикса -юх- делает Афонюхину фамилией с яркой региональной окраской: её носители, скорее всего, имеют предков из Вологодской, Архангельской или Кировской областей, где имя Афанасий было особенно популярно в XVI–XVII веках. Если вы встретили эту фамилию, можно с высокой вероятностью предположить, что её корни — на Русском Севере, среди крестьян, которые говорили по-своему, по-домашнему, и это закрепилось в фамилии на века.