Фамилия Афонюхин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Афонюхин послужило церковное имя Афанасий. Мужское имя Афанасий в переводе с греческого на русский язык означает «бессмертие». В основе фамилии лежит народная форма этого имени — Афонюха. О точном месте и времени возникновения фамилии Афонюхин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Афонюхин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.