Фамилия Агафонников — наглядный пример того, как церковное имя обрастало бытовыми формами, а затем и фамильными суффиксами. В её основе лежит имя Агафонник, народная, обиходная форма канонического имени Агафон. Само имя Агафон (от греческого агатос — «добрый», «хороший») было распространено на Руси после принятия христианства, но в крестьянской и купеческой среде его часто «упрощали» на русский лад, прибавляя суффикс -ник. Так появился Агафонник — человек, которого в миру звали не строго по святцам, а по-свойски, с характерным для русского языка уменьшительно-ласкательным или «обиходным» окончанием.

Фамильная модель Агафонников строится по стандартной схеме: имя → патроним (отчество) → фамилия. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Агафонников, то есть сын, потомок или человек из рода Агафонника. Интересно, что полная форма Агафонников, а не, скажем, Агафонов или Агафонкин, говорит о том, что в качестве родового прозвания закрепилось именно отчество от неканонической формы имени. Это редкий случай, когда «народный» вариант имени вытеснил в фамилии исходный церковный.

Географически фамилия Агафонников тяготеет к центральным и северным регионам России, где имя Агафон было особенно популярно. Встречается она реже, чем однокоренные Агафонов или Агафонцев, что делает её ценной для генеалогического поиска: носители такой фамилии, скорее всего, происходят из одной относительно компактной родовой ветви. В ономастических справочниках, например в работах Б. Унбегауна, подобные образования описываются как типичные для русских фамилий, возникших от «полуимен» — обиходных форм крестильных имён.

Таким образом, предок носителя фамилии Агафонников — это человек, которого в документах или в быту записывали как Агафонника. Он мог быть крестьянином, ремесленником или священнослужителем, но в любом случае его личное имя, пройдя через фильтр народного словообразования, оставило след в фамилии, которая дошла до наших дней.