Фамилия Агафонникова — одна из тех, что хранят в себе сразу два пласта истории: редкую словообразовательную модель и давно забытое личное имя. Вопреки первому впечатлению, она образована не от имени Агафон, а от его полной народной формы — Агафонник. Именно этот вариант, с суффиксом -ник, бытовал в простонародной среде как ласкательное или обиходное производное от канонического церковного имени Агафон (в переводе с греческого — «добрый», «благой»).

Суффикс -ник в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно он указывает на принадлежность к чему-либо или носителя признака (сравните: «сапожник» — тот, кто шьет сапоги). В случае с Агафонниковым этот суффикс присоединился к имени, чтобы выделить конкретного человека — Агафонника, сына или потомка которого и стали называть Агафонниковым. Такая модель типична для фамилий, возникших в крестьянской и рабочей среде, где полные имена нередко упрощали или, наоборот, наращивали дополнительными окончаниями для различия людей с одинаковыми именами.

Скорее всего, основатель рода Агафонниковых был выходцем из простого сословия — крестьянином или ремесленником. В дворянской среде такие «длинные» фамилии с двойным суффиксом почти не встречались: там предпочитали более краткие формы (Агафонов, Агафонцев). Агафонниковы же — пример народной этимологии, когда имя обрастало дополнительными морфемами, чтобы закрепиться в быту и передаваться по наследству.

Если сравнивать фамилию с однокоренными, сразу бросается в глаза редкость модели. Фамилии Агафонов, Агафонкин, Агафонцев встречаются гораздо чаще. Агафонникова — более поздняя по времени образования (вероятно, XVII–XVIII века), когда в русских деревнях начали массово закрепляться фамилии, и крестьяне нередко брали за основу не просто имя отца, а его обиходный вариант, понятный в узком кругу.

Сегодня фамилия Агафонникова встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, что подтверждает её «народное» происхождение — подальше от столичных канцелярий, где фамилии унифицировали по церковным святцам.