Фамилия Агафонников образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Агафонников послужило церковное имя Агафон. Фамилия Агафонников образована от имени Агафонник, которое является народной формой крестильного мужского имени Агафон. О точном месте и времени возникновения фамилии Агафонников в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Агафонников представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.