Фамилия Агафонниковы образована от имени собственного, но её словообразовательная модель необычна и заслуживает отдельного разбора. В русских фамилиях суффикс -ов обычно присоединяется к основе на твёрдый согласный: Агафон → Агафонов. Здесь же мы видим двойной суффикс: -ник + -ов. Это значит, что в основе лежало не само имя Агафон, а его производная форма — Агафонник.

Агафонник — это народный, разговорный вариант церковного имени Агафон. Имя греческого происхождения, от слова агатос — «добрый», «хороший». В святцах оно встречается нечасто, поэтому фамилии от него редки и имеют узкую географию. Агафонниковы — почти наверняка выходцы из северных или центральных губерний России, где были сильны традиции прозвищных форм на -ник: такой суффикс часто указывал на принадлежность к общине или роду занятий (например, охотник, плотник). В случае с именем Агафонник это могло означать «маленький Агафон» или «сын Агафона» — ласкательно-уменьшительное прозвище, которое затем закрепилось как фамильное.

Фамилия Агафонниковы фиксируется в документах как минимум с XVIII века: в ревизских сказках и метрических книгах встречаются крестьяне и мещане с этой фамилией в Вологодской, Костромской и Вятской губерниях. Сословная принадлежность — преимущественно крестьянская, что типично для фамилий на -ов от полных форм имени: в среде духовенства и дворянства чаще использовали фамилии на -ский. Таким образом, Агафонниковы — не «памятник славянской письменности», а живое свидетельство народной традиции: имя Агафон дало редкую двойную форму, которая сохранилась именно в крестьянской среде благодаря устойчивости бытовых прозвищ.