Фамилия Агиенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Агий. Имя Агий является просторечным вариантом канонического имени Аггей, которое в переводе с еврейского языка означает «торжественный, праздничный, веселящийся». Это имя носил пророк Аггей, день памяти которого приходится на 29 декабря. Однако в Библии упоминается некий Агий — один из сынов рабов Соломоновых. Поэтому нельзя исключить, что существовало самостоятельное имя Агий. Поэтому Агиенко буквально понималось как «сын Агия».