Фамилия Акимочкин образована от просторечной формы канонического имени Иоаким, которое в переводе с древнееврейского означает «прославленный богом». В народной среде полное имя сократили до Акима, а затем добавили уменьшительно-ласкательный суффикс -очк-, получив имя Акимочка. Потомка человека с таким именем стали называть Акимочкин — буквально «сын Акимочки». В этом проявляется типичная для русских фамилий модель: суффикс -ин указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?».

Интересно, что на стыке XIX–XX веков имя Иоаким встречалось нечасто, поэтому фамилия Акимочкин всегда была редкой. Основная масса её носителей сосредоточена в центральных и южных областях России. Поскольку имя Акимочка было крестьянским или мещанским, а не дворянским, фамилия закрепилась в среде простого люда — земледельцев, ремесленников или однодворцев. В документах она могла писаться и через «а» (Акимочкин), и через «о» (Окимочкин), что отражает местное аканье — разницу в произношении безударных гласных.

Редкий суффикс -очк- в основе фамилии выделяет её среди более распространённых Акимовых или Акимычевых. Если Акимов прямо указывает на отца по имени Аким, то Акимочкин сохраняет след ласковой, домашней формы — так могли звать ребёнка в семье. Со временем это прозвище закрепилось за родом, и сегодня фамилия Акимочкин звучит как память о том, что предка звали ласково, по-семейному.