Фамилия Аксаненко построена по самой узнаваемой украинской модели: суффикс -енко указывал на происхождение по отцу, то есть «сын Аксана». В украинской ономастике этот суффикс закрепился в XVI–XVII веках, особенно в казацкой среде Левобережной Украины, поэтому фамилия органично вписывается в историю Черниговщины, Полтавщины и соседних регионов.

Основа фамилии — личное имя Аксан. Это не случайное прозвище, а народная, сокращенная форма греческого имени Ксенофонт (от др.-греч. «чужой голос»). В восточнославянской традиции длинные греческие имена часто теряли первый слог: так Евстафий превращался в Остапа, Ксения — в Аксенью, а Ксенофонт — в Аксана. Такое упрощение делало имя более удобным для повседневного общения, и именно эта разговорная форма легла в основу фамилии.

География фамилии почти целиком украинская. Наибольшая концентрация носителей — в центральных и северных областях: Сумской, Полтавской, Черкасской. Это логично: именно здесь в реестрах казаков и крестьянских переписях фиксировались фамилии на -енко, обозначавшие родство по отцу. Предок современных Аксаненко, скорее всего, был казаком или свободным крестьянином, чьего отца звали Аксан.

У фамилии есть «родственное» гнездо. На территории России встречается форма Аксаненков — переселенцы заменили украинский суффикс на русский -ов, адаптируя фамилию под местную традицию. На западе Украины, на Волыни или Подолье, бытует Аксанюк (суффикс -юк указывает на происхождение из этих мест). А фамилия Аксанов может быть как результатом той же адаптации, так и самостоятельным образованием от той же основы. Таким образом, Аксаненко стоит в центре небольшого, но показательного гнезда фамилий, объединенных редким именем-основой.