Фамилию Аксеновы (в написании через «ё» — Аксёновы) носила не одна семья, и история у них разная, хотя корень общий. В основе лежит мужское имя Авксентий, что с древнегреческого переводится как «растущий». Полное церковное имя было длинным для повседневной речи, поэтому в быту закрепилась краткая форма — Аксен или Аксён. От неё и пошла фамилия по стандартной русской модели: имя + суффикс принадлежности -ов, то есть «сын Аксена».

Однако стоит различать ветви. Часть Аксёновых — нетитулованный российский дворянский род, есть и донская дворянская фамилия. Это значит, что предки таких Аксёновых могли владеть землёй и людьми, а фамилия закрепилась за ними в XV–XVI веках, когда в среде богатых людей и служилого сословия начали передавать родовое прозвание по наследству. Но большинство носителей фамилии, конечно, были крестьянами или мещанами: у простого люда фамилии на -ов тоже фиксировались, но позже и часто по имени отца.

Самая известная фигура среди носителей — писатель Василий Павлович Аксёнов (автор «Коллеги», «Звёздного билета», «Ожога», «Острова Крым»). Его фамилия пишется через «ё», и это не случайно: в советских паспортах букву «ё» часто заменяли на «е», из-за чего одна и та же родовая фамилия могла разойтись в документах в двух вариантах. Поэтому Аксеновы и Аксёновы — это, как правило, одна и та же фамилия, просто записанная по-разному из-за необязательности буквы «ё» в делопроизводстве.

О точном месте и времени возникновения конкретной ветви сейчас сказать сложно: процесс формирования фамилий шёл несколько столетий, и без архивов по конкретной семье можно только утверждать, что предок нынешних Аксеновых носил имя Аксен (Авксентий).