Фамилия Акушкина — типичный пример того, как в русской ономастике просторечная форма имени прочно закрепилась в качестве родового прозвища. В основе лежит имя Акушка, которое в народной среде заменяло сразу два крестильных мужских имени: Иаков (в бытовом произношении — Яков) и Иоаким (Аким). Первое, Иаков, восходит к древнееврейскому корню со значением «пятка» или «идущий по пятам», а второе, Иоаким, означает «бог поставил» или «бог утвердил». Выбор именно уменьшительной формы Акушка вместо полного имени указывает на то, что носитель фамилии, скорее всего, происходил из простого сословия — в крестьянской и мещанской среде такие обиходные варианты были нормой, а в дворянских родах предпочитали полные канонические формы.

Суффикс -ин в фамилии указывает на модель образования «чей?»: Акушкин — значит сын или потомок Акушки. Это один из самых распространённых способов формирования русских фамилий, особенно в северных и центральных губерниях, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на -ов.

Существует и альтернативная версия, связывающая фамилию с тюркским именем Акуш, которое переводится как «белая птица» или «лебедь». Однако эта гипотеза менее правдоподобна: в русских говорах форма Акушка устойчиво соотносится с православными именами, а тюркское влияние в данном случае не подтверждается ни географией распространения фамилии, ни историческими записями. Поэтому основная и наиболее обоснованная версия — происхождение от имени Акушка как производного от Якова или Акима.