Фамилия Альчиканова образована от мужского имени Альчикан. Это имя — деминутив, то есть уменьшительно-ласкательная форма, от тюркского имени Альчи. Суффикс -кан в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) служит для образования ласкательных или уменьшительных форм личных имен: Альчи + кан = «маленький Альчи», «Альчушка».

Само имя Альчи восходит к тюркскому слову «алчы» со значением «пестрый, рябой» или «алча» — «низкорослый, небольшой». В ономастике распространена практика давать имена по внешним признакам: рябой или невысокий человек мог получить прозвище Альчи, которое затем закрепилось как имя. Другая версия связывает Альчи с тюркским «алчы» — «воин, боец», но она менее убедительна, так как имен с таким корнем в антропонимии народов Поволжья и Урала почти не встречается.

Фамилия построена по русской модели: к основе Альчикан добавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Альчиканов сын). Окончание -а — это женская форма фамилии, которая закрепилась в документах, когда носительницей фамилии стала женщина или когда фамилию фиксировали в женском роде (например, в метриках или переписях). Мужской вариант — Альчиканов.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречается также у сибирских татар. Среди носителей преобладают потомки крестьян и торговцев из казанских татар, хотя в XIX веке отдельные ветви могли получить дворянство за службу — но это единичные случаи, и документальных подтверждений по этой фамилии мало.

С точки зрения словообразования фамилия показательна: она сохранила архаичную уменьшительную форму имени, которая в современном тюркском языке почти вышла из употребления. Это делает Альчиканову ценным маркером для историков языка, изучающих антропонимию XVI–XVII веков, когда такие формы были массовыми.