Фамилия Альчиканова — это «женский» вариант мужской фамилии Альчиканов, которая закрепилась в документах (метриках, переписях) за женщиной-носительницей или была записана в женском роде. В основе фамилии лежит мужское имя Альчикан. Это имя — деминутив, уменьшительно-ласкательная форма от тюркского имени Альчи, образованная с помощью суффикса -кан. В татарском, башкирском и казахском языках этот суффикс используется для создания ласкательных вариантов: Альчи + кан означает «маленький Альчи», «Альчушка».

Само имя Альчи, скорее всего, восходит к тюркскому слову «алчы» — «пестрый, рябой» или «алча» — «низкорослый, небольшой». В ономастике распространена практика давать имена по внешним признакам: рябой или невысокий человек мог получить прозвище Альчи, которое затем закрепилось как имя. Версия о происхождении от «алчы» — «воин, боец» — менее убедительна, так как в антропонимии народов Поволжья и Урала имена с таким корнем почти не встречаются.

Фамилия построена по классической русской модели: к основе Альчикан добавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Альчиканов сын). Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, также встречается у сибирских татар. Среди носителей преобладают потомки крестьян и торговцев из казанских татар; документальных подтверждений о дворянских ветвях по этой фамилии почти нет.

С точки зрения словообразования фамилия показательна: она сохранила архаичную уменьшительную форму имени, которая в современном тюркском языке почти вышла из употребления. Это делает Альчиканову ценным маркером для историков языка, изучающих антропонимию XVI–XVII веков, когда такие формы были массовыми.