Фамилия Альчугин — редкий случай, когда прозвищное имя, лёгшее в основу, почти наверняка имеет тюркское происхождение, но при этом обросло русским суффиксом и окончанием, как типичная фамилия центральной России.

Корень здесь — «альчук» или «алчук». В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «алчу» означает «обманщик», «плут», «хитрец». Вряд ли это было имя при крещении — скорее уличное прозвище, которое давали человеку с живым, изворотливым умом или склонностью к нехитрым уловкам. Впрочем, у некоторых тюркских народов существовали и личные имена с таким корнем, которые не несли отрицательной окраски, а обозначали «ловкий», «умеющий выкрутиться».

Суффикс «-ин» указывает на типичную модель русских фамилий, образованных от прозвищ или имён на -а, -я. Альчуга — это уменьшительно-ласкательная или обиходная форма от Альчук. Соответственно, Альчугин — «сын Альчуги», «потомок человека по прозвищу Альчуга». То есть фамилия закрепилась за русским или обрусевшим человеком, который либо сам носил тюркское прозвище, либо происходил из семьи, где такое прозвище дали предку.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — зоне активных контактов русского и тюркского населения. Встречается она и в бывших вотчинах казанских татар, и среди оренбургских казаков. В отличие от фамилий на «-ов», которые чаще образовывались от полных форм имени, «-ин» здесь — верный признак того, что прозвище было на «-а» и бытовало в живой, разговорной среде.

В дореволюционных записях фамилия могла писаться через «е» — Ельчугин, что связано с аканьем и неустойчивостью безударного гласного в начале слова. Но более старая и правильная форма — именно с «а», поскольку исходное тюркское слово произносилось с твёрдым «а».

Сословно носители фамилии чаще всего были государственными или дворцовыми крестьянами, реже — однодворцами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже говорит о её «низовом», прозвищном происхождении: это не книжное, а народное именование, закрепившееся за одним родом и передававшееся по наследству.