Фамилия Алекбаева — женская форма фамилии Алекбаев, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем или прозвищем. Основа здесь — тюркское имя Алекбай, которое состоит из двух частей: «алек» (вариант «али», «алы») и «бай». Первая часть восходит к арабскому «али» — «высокий», «великий», «возвышенный», широко распространённому в мусульманских именах (Али, Алий). Вторая часть — «бай» — тюркский титул, означающий «господин», «богач», «хозяин», «состоятельный человек». В прошлом баями называли зажиточных людей, землевладельцев или уважаемых старейшин.

Таким образом, имя Алекбай можно перевести как «великий господин» или «высокий бай». Это типичная для тюркских народов сложносоставная модель имени, где к религиозному или почётному компоненту добавляется социальный статус. Фамилия Алекбаев (и Алекбаева) образована по русской патронимической модели с помощью суффикса -ев: от имени Алекбай отняли конечный «й» и прибавили фамильный суффикс. Такая схема массово закрепилась у народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии в XIX–XX веках, когда началась русификация документов.

Географически фамилия Алекбаева чаще всего встречается среди башкир, татар, казахов и народов Дагестана. В этих регионах имя Алекбай было в ходу, хотя и не так часто, как, скажем, Ахметбай или Уразбай. Предки носительницы фамилии, скорее всего, были людьми не бедными — баями или детьми баев, то есть относились к зажиточной части сельского населения. В советское время фамилия потеряла сословный оттенок и стала просто родовым именем.

Стоит отметить, что в некоторых тюркских диалектах «алек» может означать «хитрый» или «ловкий» (от слова «әләк» — обман, уловка), но эта версия менее вероятна для имени: в антропонимике принято давать детям имена с положительным значением. Поэтому основная версия — через арабское «али» — остаётся основной.