Фамилия Алексагина — это женская форма, мужской вариант — Алексагин. В русской традиции такие фамилии на -ин обычно образуются от имён, прозвищ или названий профессий, оканчивающихся на -а или -я. Основа здесь — «Алексага», и это не случайное прозвище, а уменьшительно-ласкательная или просторечная форма крестильного имени Алексей.

Имя Алексей (от греческого «алексиос» — «защитник») в русском быту дало множество производных: Алёша, Лёша, Алексаха, Алексашка, Саня. Форма «Алексага» встречается реже, но она вполне объяснима через типичные для русских говоров суффиксы субъективной оценки. Суффикс -аг- (-яг-) придаёт слову оттенок фамильярности или ласки (сравните: коряга, бедняга, работяга). Таким образом, Алексага — это вроде «Алёшка» или «Лёха», но с иной суффиксальной окраской, характерной для северных и центральных областей России.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: сначала от имени Алексей через суффикс -аг- образовалось прозвище Алексага, а затем к нему присоединился притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Алексагин сын, то есть сын Алексаги. Со временем это отчество закрепилось как фамилия. Алексагины — потомки человека, которого в быту звали не полным именем, а именно так: ласково или по-свойски.

Версия о связи с тюркскими корнями (например, от «алек» или «алаг») маловероятна: фамилия отчётливо славянская по модели и по основе, а имя Алексей в России было одним из самых распространённых, что и породило сотни похожих фамилий — Алексахин, Алексашин, Алёхин, Алексеев. Алексагина стоит в этом ряду как более редкий вариант, сохранивший нестандартную народную форму имени.

Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, но чаще — в регионах, где были сильны архаичные диалекты: Вологодская, Архангельская, Кировская области. В дореволюционных переписях Алексагины — это в основном крестьяне или мещане, и фамилия не указывает на знатное происхождение: она из тех, что «приросли» к роду в XVII–XVIII веках, когда закрепились уличные прозвища.