Фамилия Алексакин — один из тех случаев, когда народная русская модель словообразования «накрывает» полное церковное имя. В основе лежит имя Александр, но не напрямую, а через его просторечную, обиходную форму Алексака. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Алексакин», то есть сын, потомок или человек из семьи Алесаки.

Такая цепочка — Александр → Алексака → Алексакин — типична для русских фамилий, образованных от уменьшительных или усечённых вариантов крестильных имён. Полное имя Александр («защитник людей», греч.) дало десятки производных: Алексанкин, Алексашин, Сашин, Шурин, Санькин. Алексакин стоит в ряду тех фамилий, где исходная форма (Алексака) уже сама по себе была неласковой, а скорее «уличной» — так в деревне могли звать взрослого мужика, а не ребёнка. Фамилия не дворянская и не семинарская, а крестьянская или мещанская: её давали по отцу, которого в быту звали Алексака, без прибавления полного церковного имени.

В документах фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России — в старых писцовых книгах по Вологодчине, Костромской и Вятской губерниям. Это объясняется тем, что именно там дольше держались диалектные формы имён на -ака: Мишака, Гришака, Васяка. Фамилия Алексакин, таким образом, — не просто «производная от Александр», а маркер определённой языковой среды, где имя укорачивали и «утяжеляли» суффиксом, превращая его в прозвище главы семьи.

Иногда фамилию путают с Алексашиным или Алексеевым, но это разные корни: Алексака — это Александр, а не Алексей. Ошибочное сближение возможно из-за созвучия, но ономастика здесь однозначна: Алексакин восходит только к Александру через форму на -ака.