Фамилия Альгинова — женская форма, образованная по самой распространённой в русском языке модели: к основе на согласный добавили суффикс -ов, а для женского рода — окончание -а. Мужской вариант, Альгинов, происходит от личного имени или прозвища Альгин. Главная загадка здесь в том, что означает само слово «Альгин».

Скорее всего, в основе лежит тюркское имя Альгин. В татарском, башкирском и других тюркских языках есть корень «ал» — «брать, получать». Имя Альгин могло означать «взятый» (например, богом данный, долгожданный) или «берущий» (в смысле удачливый, добычливый). В русской среде такое имя могли дать человеку из татар, башкир или других тюркских народов Поволжья, Приуралья или Сибири. Фамилия Альгинов — типичный пример русификации тюркского имени: к нему добавили русский патронимический суффикс. Носители фамилии, скорее всего, были крещёными татарами или мишарями, либо русскими, в чей род вошёл тюркский предок.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с калмыцким или монгольским именем Алгин, где корень «ал» означает «слава» или «алый». В этом случае фамилия указывает на южные или восточные корни предка, но такая гипотеза слабее: географическое распространение фамилии говорит в пользу тюркской, а не монгольской версии.

Географически фамилия Альгинова встречается нечасто, но основные очаги — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Самарская области. Это прямо подтверждает тюркскую версию происхождения. Встречаются и варианты написания с одной «н» — Алгинова, что может указывать на разную запись в документах XIX века, когда фамилии только закреплялись за крестьянами и мещанами. Суффикс -ов в фамилии Альгинов говорит о том, что её оформили в русской традиции именно в XVIII–XIX веках, в период массового закрепления фамилий. До этого предок мог носить прозвище или имя Альгин без фамильного окончания.