Фамилия Амелькова образована от имени-основы, и здесь ключ к её происхождению — просторечная форма крестильного имени Емельян. Исходное греческое имя означает «льстивый», хотя есть и вторая версия, возводящая его к латинскому слову со значением «соперник» или «участник соревнований». В русском быту имя Емельян сократили до Амеля — так нарекли человека, а его потомков уже записывали как Амельковых.

Сама модель фамилии проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Амели). Это типичный патроним, который со временем закрепился за родом. Вопреки встречающемуся мнению о переезде рода из другой страны, фамилия Амелькова — исконно русская по словообразованию, и никакой специальной «русификации» не требовалось: имя Амеля бытовало в крестьянской и мещанской среде, а суффикс -ов добавили по стандартной модели, принятой в центральной России.

Интересно, что фамилия встречается в формах Амельков и Амелькова, причём женский вариант нередко сохраняет ударение на втором слоге: Амелько́ва. Географически фамилия тяготеет к южным и центральным областям России — в документах XVII–XVIII веков Амельковы упоминаются среди однодворцев и государственных крестьян. Есть и параллельная форма Амелькин, образованная от того же имени, но с другим суффиксом. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Амелькова стоит ближе к полной форме имени, чем, скажем, Емельянов — здесь мы видим именно народный, усечённый вариант, что сразу указывает на социальную среду: так могли прозвать простого человека, без претензии на книжное имя.