Фамилию Амелюшкина стоит начать разбирать с суффикса — это её главная особенность. В русских фамилиях суффикс -ушк- встречается нечасто, он характерен для уменьшительно-ласкательных форм личных имён. Основа здесь — Амеля, народная форма крестильного имени Емельян, которое восходит к греческому Aimilianos — «ласковый», «льстивый». Сначала появилось домашнее прозвище или имя Амелюшка (ласковое обращение к Емельяну), а от него — фамилия Амелюшкин. То есть предок носительницы фамилии был, скорее всего, сыном или потомком человека, которого в семье звали Амелюшкой.

Есть и вторая версия, более прозаичная. В русских говорах слово «амеля» или «омеля» могло означать не только имя, но и прозвище нерасторопного, медлительного человека. В словаре Даля «амеля» — это «разгильдяй, ротозей». Если фамилия пошла от такого прозвища, то её носитель получил её не по имени, а по характеру. Правдоподобнее всё же первая версия — от имени: суффикс -ушк- в русских фамилиях чаще образуется именно от личных имён (сравните Иванушка — Иванушкин, Петрушка — Петрушкин), а не от нарицательных прозвищ.

Географически фамилия Амелюшкин и её женская форма Амелюшкина привязаны к центральным и южным областям России, особенно к Воронежской, Тамбовской и Рязанской губерниям. Там имя Емельян в народной форме «Амеля» было распространено шире, чем на севере. Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и мещане, но в дворянские родословные книги она не попала — это фамилия простых людей, часто однодворцев или государственных крестьян.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Амелюшкин стоит в одном ряду с Амелиным, Амелькиным и Амелякиным. Разница только в суффиксе: -ин указывает на прямое родство (Амеля → Амелин), а -ушкин — на уменьшительную форму, то есть на более ласковое или внутрисемейное прозвище. Поэтому Амелюшкина — это не просто «дочь Емельяна», а скорее «дочь того, кого в семье звали ласково Амелюшкой».