Фамилия Амерханова — одна из тех, что чётко указывает на имя родоначальника. Её основа — составное мужское имя Амерхан, распространённое в тюрко-мусульманской среде. Это имя склеилось из двух самостоятельных элементов: «Амир» (в произносительном варианте «Амер») и «Хан». Первая часть восходит к арабскому корню со значением «повелитель, предводитель», вторая — древний титул, который у кочевых народов Ирана и Афганистана первоначально носил вождь племени. Соединившись, эти компоненты усилили значение: имя Амерхан можно перевести как «повелитель-хан» или «князь-правитель».

По словообразовательной модели фамилия типична для русского языка: к основе Амерхан добавили суффикс -ов и окончание -а, превратив отчество в фамилию. Такая модель была особенно продуктивна в XIX веке, когда фамилии фиксировались у разных сословий. Однако точное время и место, где Амерхановы получили фамилию официально, установить без генеалогического поиска сложно: процесс шёл неравномерно, и у разных ветвей рода он мог завершиться в разное время.

Редкость фамилии в том, что она избежала типичных фонетических упрощений. В русских записях имя Амир нередко превращалось в Эмир, а двойное «м» в «Аммер» — но здесь мы видим устойчивую форму «Амер» с одним «м», что может указывать на конкретный региональный говор или на осознанное сохранение исходного произношения. Сравните с однокоренными фамилиями Амирханов, Эмирханов, Амеров — каждая из них фиксирует свой вариант звучания, и Амерханова стоит в этом ряду как наиболее близкая к арабской огласовке имени.