Фамилия Аминджонов — редкий пример того, как арабское имя, персидский ласкательный компонент и русский патронимический суффикс склеились в одну паспортную запись. Её основа — составное имя Аминджон, распространённое у таджиков и узбеков. Первая часть, Амин, восходит к арабскому «амин» — «верный, надёжный, честный» (один из эпитетов пророка Мухаммеда). Вторая часть, джон (или джан), — персидское слово «душа, жизнь», но в именах оно работает как ласкательная или уважительная приставка, вроде «дорогой» или «любимый». Вместе имя можно перевести как «верная душа» или «честный человек».

Суффикс -ов превращает имя отца в фамилию сына по классической русской модели: «чей?» — Аминджонов. Это типичный результат русификации фамилий Средней Азии в XIX–XX веках, когда регион вошёл в состав Российской империи, и местные имена адаптировали под русскую паспортную систему. Если бы фамилия сохранила местную форму, она звучала бы как Аминджонзода или Аминджони.

Интересная деталь — в советских документах фамилию могли записать с одним «н»: Амиджонов. Причина в особенностях передачи мягкого звука «дж» на письме: при переписывании имени со слуха или по бумагам из сельсовета один согласный нередко терялся. Такие варианты встречаются в архивах Узбекистана и Таджикистана до сих пор.

Географически фамилия тяготеет к Узбекистану, Таджикистану и прилегающим районам Кыргызстана и Казахстана. В России она редка, в основном среди потомков мигрантов из этих республик. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Аминов (от имени Амин) встречается гораздо чаще, но без персидского компонента. Аминджонов стоит в одном ряду с Холджановым, Рахмонджоновым или Абдулладжоновым — все они построены по одной схеме «имя + джон + -ов».

Социального статуса предков фамилия не раскрывает: Аминджоном могли назвать в любой среде, от крестьянина до торговца. Единственное, что она точно говорит — предки были мусульманами-суннитами, так как имя Амин популярно именно в этой среде.