Фамилия Ананьин образована не от церковного имени, а от прозвища. Основа здесь — диалектное слово «ананья», которым в старину называли человека ласкового, умевшего подольститься, льстивого. Такое прозвище давали по черте характера: предок мог быть мягким в общении, уступчивым или, напротив, хитроватым в достижении своих целей. Слово «ананья» бытовало в народной речи именно в этом значении, и фамилия закрепила его за родом.

Хотя существует мужское имя Ананий (от древнееврейского «отмеченный милостью Божией»), маловероятно, что фамилия Ананьин происходит от него. В старину имя Ананий действительно было распространено среди крестьян, но фамилии от него образовывали иначе — с суффиксом -ев: Ананьев. Суффикс -ин указывает на другую основу, а именно на прозвище или имя, оканчивающееся на -я. Поэтому потомка человека по прозвищу Ананья и назвали Ананьиным.

Модель образования фамилии типична для русского Севера и ряда центральных областей: прозвище на -я плюс притяжательный суффикс -ин давали прямой ответ на вопрос «чей?» — «сын Ананьи». Эта же модель встречается в фамилиях Молчанин, Грязнин, Умнин — все они образованы от прозвищ с тем же окончанием.

Таким образом, Ананьины — это потомки человека, которого окружающие запомнили как льстивого или ласкового, и это прозвище стало родовым именем.