Фамилия Ананьина образована от полной формы мужского имени Ананий — в этом её главное отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ананьина, то есть жена, вдова или дочь человека по имени или прозвищу Ананий. Само имя Ананий — каноническое, церковное, пришло из древнееврейского и означает «отмеченный милостью Божией». В быту так могли назвать ребёнка в крестьянской или купеческой семье, где держались традиций и не гнались за западными новинками.

По одной из версий, фамилия могла закрепиться не напрямую от имени, а от прозвища Ананий, которое давали человеку с определёнными чертами характера — например, кроткому, богобоязненному или, наоборот, тому, кто постоянно поминал Бога всуе. В русских говорах имя Ананий иногда произносили как Ананя, отсюда и вариант фамилии Ананьин, а женская форма Ананьина исторически фиксировалась в документах как указание на замужнюю женщину или вдову.

Географически фамилия встречается в северных и центральных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях, где имя Ананий было особенно популярно в XVII–XVIII веках. В отличие от фамилий на -ский, которые часто носили дворяне и духовенство, Ананьина — типично крестьянская или мещанская по происхождению. В некоторых переписях XIX века записана как Ананьины — с ударением на второй слог, что говорит о местном произношении.

Среди однокоренных фамилий — Ананьев, Ананьин, Анашкин (от уменьшительной формы Анашка). Ананьина стоит особняком: она сохранила архаичную модель притяжательного прилагательного в женском роде, что редкость для современных фамилий. Если ваш предок был Ананьиным, то Ананьина — это его жена или дочь, и фамилия закрепилась именно в такой форме из-за особенностей местного делопроизводства.