Фамилия Ананьины принадлежит к числу русских родовых именований, образованных не от крестильного имени, а от прозвища. Вопреки распространенному мнению, связь этой фамилии с древнееврейским именем Ананий («отмеченный милостью Божией») маловероятна. Если бы в основе лежало каноническое имя, фамилия звучала бы как Ананьев — по модели Иван → Иванов, Петр → Петров. Суффикс -ин указывает на другую природу происхождения: его присоединяли к основам, оканчивающимся на -а/-я.

Прозвище Ананья в русских говорах имело конкретное значение — «ласковый, льстивый человек». Так могли назвать не столько доброго, сколько умеющего угодить, обходительного в разговоре человека. Это не обязательно была отрицательная характеристика: в крестьянском быту ценили и мягкость, и умение ладить с людьми. Таким образом, первый носитель прозвища Ананья выделялся среди односельчан особенностями характера, а его дети и внуки стали Ананьиными.

В документах XVI–XVII веков прозвищные фамилии на -ин встречаются повсеместно, но привязать Ананьиных к конкретной местности без дополнительных данных сложно. Фамилия встречается в разных регионах, что говорит о широкой распространенности самого прозвища. В отличие от фамилий, образованных от редких или книжных имен, Ананьины — пример народной, бытовой ономастики, где прозвище перевесило церковное имя.