Фамилия Анганова — женская форма, образованная от мужской Анганов по стандартной русской модели: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Анганов, то есть сын или потомок Ангана). В основе лежит прозвище или нецерковное имя Анган. Это редкий случай, когда корень не имеет славянской этимологии, и разбирать его интереснее всего через географию и языковые контакты.

Самая правдоподобная версия — тюркское или монгольское происхождение. В бурятском, калмыцком и монгольском языках слово «анган» означает «начало», «исток», «первый». Имя Анган могли дать первенцу или ребёнку, родившемуся в начале значимого периода — года, сезона. Учитывая, что фамилия встречается в Восточной Сибири, Забайкалье и Бурятии, именно эта версия выглядит убедительнее всего. Есть и менее вероятная гипотеза: связь с тюркским «ан» (зверь, дичь) или «анга» (удивление), но в ономастике приоритет отдают конкретным личным именам, а не абстрактным понятиям.

Суффикс -ов в фамилии Анганов — показатель обрусения. Когда тюркские или монгольские имена попадали в русскую среду, их оформляли по стандартной патронимической модели: к основе добавляли русский суффикс. Так Анган превратился в Анганов, а затем и в Анганову. Это типичный случай для фамилий сибирских народов, вошедших в состав Российской империи.

Географически фамилия Анганова привязана к регионам, где исторически жили буряты и калмыки: Иркутская область, Бурятия, Забайкальский край, Калмыкия. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальное происхождение от конкретного родового имени. Предки носителей фамилии, скорее всего, были скотоводами или охотниками, а само имя Анган закрепилось как родовое прозвище, перешедшее в фамилию.