Фамилия Анганова — женская форма, а её основа — мужская фамилия Анганов. В русской традиции такие фамилии обычно образуются с помощью суффикса -ов, указывающего на принадлежность: «чей?» — Анганов, то есть сын или потомок Ангана. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Анган.

Здесь мы сталкиваемся с редким случаем, когда корень не имеет очевидной славянской этимологии. Скорее всего, Анган — это тюркское или монгольское имя. В бурятском, калмыцком и монгольском языках слово «анган» означает «начало», «исток», «первый». Имя Анган могли дать первенцу или ребенку, родившемуся в начале какого-то значимого периода (года, сезона). Учитывая, что фамилия встречается в Восточной Сибири, Забайкалье и Бурятии, версия с монгольским или бурятским корнем — самая правдоподобная.

Есть и другая, менее вероятная гипотеза: связь с тюркским словом «ан» (зверь, дичь) или «анга» (удивление, изумление). Но в ономастике приоритет отдают конкретным личным именам, а не абстрактным понятиям, поэтому версия с «началом» и первенцем выглядит убедительнее.

Суффикс -ов в фамилии Анганов — показатель обрусения. Когда тюркские или монгольские имена попадали в русскую среду, их оформляли по стандартной модели: к основе добавляли русский патронимический суффикс. Так Анган превратился в Анганов, а затем и в Анганову. Это типичный случай для фамилий сибирских народов, вошедших в состав Российской империи.

Географически фамилия Анганова привязана к регионам, где исторически жили буряты и калмыки: Иркутская область, Бурятия, Забайкальский край, Калмыкия. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальное происхождение от конкретного родового имени. Предки носителей фамилии, скорее всего, были скотоводами или охотниками, а само имя Анган закрепилось как родовое прозвище, перешедшее в фамилию.