Фамилия Аниконова образована от мужского имени Аникан — просторечной формы канонического имени Аникеиоанн. В основе этого редкого составного имени лежит греческое слово «никэ» — «победа», поэтому его значение можно передать как «непобедимый». Имя Аникан бытовало в крестьянской и мещанской среде, где церковные имена часто сокращали и переделывали на свой лад. Скорее всего, основатель рода Аниконовых был человеком из простого сословия, не принадлежавшим к дворянству или духовенству.

Фамилия построена по самой распространённой в русской ономастике модели: к основе — имени Аникан — добавили суффикс принадлежности -ов. В буквальном смысле Аниконов — это «сын Аникана», «потомок того, кого звали Аникан». Женская форма Аниконова указывает, что речь идёт о женщине или о членах семьи в женском роде, но исторически фамилия закрепилась от мужского предка.

У фамилии есть несколько однокоренных «родственников»: Аниканов, Аникин, Аникеев. Все они восходят к одному корню — имени Аника (Аникан), но различаются суффиксами. Форма с -онов встречается реже, чем с -ин или -ев, что делает фамилию Аниконов менее типичной для центральных областей России. Географически она чаще фиксируется в Поволжье и на северо-западе страны, где просторечные формы имён дольше сохранялись в быту.

Таким образом, фамилия Аниконова — это не прозвище по занятию или внешности, а прямое указание на имя предка. Потомок человека, которого в народе звали Аникан, со временем получил фамилию Аниконов, и она передавалась по наследству без изменений.