Фамилия Аникулина — одна из тех русских фамилий, где женская форма на -а прочно закрепилась в обиходе, хотя её основа мужская. В официальных документах и в быту она встречается в обоих вариантах: Аникулин для мужчин и Аникулина для женщин. Это типичная «фамилия-притяжательность»: она отвечает на вопрос «чей?» и образована от личного имени или прозвища родоначальника.

Корень здесь — имя Аникула. Это народная, разговорная форма канонического имени Иоанникий (греч. Ioannikios, что означает «победа народа»). В русской традиции имя упростили до созвучного и более лёгкого Аникула, а от него пошли уменьшительные и производные формы. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Аникулин буквально значит «сын Аникулы» или «из семьи Аникулы». Такая модель образования — одна из самых распространённых в русском ономастиконе, наряду с фамилиями на -ов/-ев.

Интересно, что в некоторых говорах имя Аникула могло закрепиться не как церковное, а как мирское прозвище, связанное с местным диалектным словом. Например, в псковских и новгородских землях «аникулой» иногда называли человека нерасторопного или, наоборот, хитрого — но это скорее вторичное, народное переосмысление, а не исходное значение. Основная масса носителей фамилии ведёт род от крестьян или мещан, получивших фамилию по имени отца или деда.

Встречается Аникулина преимущественно в центральных и северо-западных областях России. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Аничкин, Анисимов, Аниканов — то Аникулина стоит особняком: в ней сохранилась более архаичная полная форма имени, без усечения или добавления других суффиксов. Это делает фамилию прозрачной для этимологического разбора: любой носитель, зная имя Аникула, может восстановить историю своего рода без дополнительных оговорок.