Фамилия Аникунов образована не от одного, а от двух возможных крестильных имён, что сразу уводит разбор от простых схем. Самый прямой путь — от канонического имени Иоанникий (в бытовом произношении — Аникий), что по-гречески значит «победитель» или «непобедимый». Длинное церковное имя на русской почве сократили до формы Аникун — типичный пример того, как язык «обкатывал» непривычные греческие слова. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Аникунов буквально означает «сын Аникуна». Такой способ закрепления фамилий был одним из самых распространённых в XV–XVII веках среди крестьян и посадских людей.

Но есть и вторая версия, не менее правдоподобная. Форма Аникун могла возникнуть и от имени Аникита (греч. «непобедимый»). В народном произношении оба имени — Иоанникий и Аникита — часто смешивались и давали одинаковые производные: Аникей, Аника, Аникун. Поэтому сказать наверняка, какой святой был небесным покровителем первого носителя фамилии, невозможно, но смысл у обоих имён схож — «победитель». Разбирать эту фамилию, пытаясь выбрать одну из версий, — значит спорить с самой природой живого языка, который не любит однозначности.

География фамилии тоже показательна. Аникуновы — не южнорусская фамилия (там преобладали бы формы на -енко) и не северная (на -ых). Суффикс -ов и характерная основа указывают на центральные и северо-восточные области России. Вероятнее всего, очаг возникновения — Владимирская, Нижегородская или Костромская губернии, где имя Аника было особенно популярно в XVI–XVII веках. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» форма Аникунов упоминается в ряду типичных «полуотчеств» от производных форм крестильных имён. Это значит, что предок носителя фамилии не был дворянином или боярином — такие фамилии чаще всего закреплялись за крестьянами, ремесленниками или мелкими служилыми людьми. Никакой тайной знати за Аникуновыми не числится, но сама фамилия — живой свидетель того, как древнерусский язык перекраивал греческие имена на свой лад.