Фамилия Анисимкин — один из тех случаев, когда за привычным звучанием стоит не ремесло или прозвище, а личное имя. В её основе лежит каноническое имя Анисим, которое пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка. Греческое слово «онесимос» означает «исполнение», «завершение» или «полезный». На бытовом уровне имя быстро обросло уменьшительными формами, и самой ходовой стала Анисимка — от неё напрямую и образована фамилия при помощи типичного русского суффикса принадлежности -ин. Суффикс указывает на то, что речь идёт о «сыне Анисимки» или, шире, о человеке из его рода.

Церковная история, стоящая за именем, добавляет фамилии неожиданный драматизм. Покровителем считается апостол Онисим (в русской традиции Анисим) — беглый раб из Малой Азии. Согласно Новому Завету, он сбежал от своего хозяина Филимона, встретил апостола Павла, был обращён в христианство и вернулся к господину уже не как раб, а как брат по вере. Позже, по преданию, Анисим стал епископом и проповедовал христианство в разных странах, приняв мученическую смерть. Память апостола отмечается 28 февраля (по старому стилю 15 февраля).

Сама фамилия Анисимкин по модели образования стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Ивашкин (от Ивашка) или Митькин (от Митька). Это указывает на её простонародное происхождение: в крестьянской и мещанской среде полные имена использовали редко, предпочитая обиходные формы на -ка. В официальных документах XVIII–XIX веков человека могли записать как «Анисим Григорьев сын», но в быту и в неофициальных переписях он проходил как Анисимка, а его дети уже получали прозвание Анисимкины.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России. Она встречается в Вологодской, Кировской, Архангельской областях, а также в Поволжье — там, где имя Анисим было особенно популярно в XVI–XVII веках. Примечательно, что в некоторых говорах имя произносили как Онисим, отсюда пошли параллельные фамилии Онисимов, Онисимкин и даже Онищенко. Но форма Анисимкин закрепилась именно в тех семьях, где в основе лежала местная, «акающая» версия произношения.

Таким образом, фамилия Анисимкин — это не просто «сын Анисимки», а отсылка к целому пласту народной культуры: к тому, как греческое «исполнение» превратилось в русское обиходное имя, как церковный сюжет о рабе и апостоле стал частью семейной истории, и как суффикс -ин на века закрепил за потомками память о предке, которого в деревне звали просто Анисимка.