Фамилия Анисимкина — женская форма фамилии Анисимкин, и чтобы понять её корни, стоит сразу заглянуть в словообразовательную модель. В отличие от массовых фамилий на -ов, модель на -ин в русской традиции обычно прикреплялась к основам, оканчивающимся на -а или -я. Здесь же основа Анисимк- (с конечным согласным) получила суффикс -ин, что встречается реже и выдает народное, некабинетное происхождение. Такие фамилии часто фиксировались в среде крестьян и мещан, где имя Анисимка было обычным деревенским прозвищем.

Сама основа восходит к уменьшительной форме крестильного имени Анисим. Полное церковное имя звучало как Онисим (от греческого «онисимос» — полезный), и в русском быту оно обросло множеством вариантов: Анисим, Анисимко, Анисимка. Суффикс -к- в основе Анисимк- указывает на ласкательное или обиходное именование, а фамильный суффикс -ин говорит о принадлежности: «чей?» — Анисимкин, то есть сын или внук человека по прозвищу Анисимка.

Географически фамилия Анисимкин (и её женская форма) наиболее характерна для центральных и северных областей России — например, в Вологодской, Костромской, Архангельской губерниях. Там имя Онисим было популярно, а уменьшительная форма Анисимка дала начало целому кусту родственных фамилий: Анисимов, Анисимцев, Онисимов. Анисимкина выделяется на их фоне именно редким суффиксом, который подчёркивает неформальное, семейное прозвище предка.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Анисимкины в XIX веке в основном были государственными или помещичьими крестьянами. В документах переписей встречаются записи, где фамилия давалась по имени отца, но не по полному календарному имени, а по его повседневной форме. Это говорит о том, что предка в быту звали просто Анисимкой — так его называли соседи и родня, и это прозвище закрепилось за его потомками.

Споров о происхождении фамилии почти нет: все версии сходятся к имени Онисим. Редкая версия о связи с греческим «анисим» (равный) не выдерживает критики — это искусственное сближение, не подтверждённое реальной ономастической традицией. Надёжнее всего общепринятая гипотеза, зафиксированная в работах Б. Унбегауна и В. Никонова: фамилия образована от уменьшительной формы крестильного имени, что типично для русских фамилий на -ин.