Фамилия Анисочкины (в мужском варианте — Анисочкин) принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от имени собственного. В её основе лежит имя Анисочка — ласкательная или краткая форма сразу нескольких возможных источников, поэтому у фамилии есть несколько версий происхождения.

Наиболее вероятная версия связывает имя Анисочка с крестильным именем Онисим. В переводе с греческого оно означает «полезный». Чередование гласных о/а в корне (Онисим → Анисочка) объясняется влиянием «акающих» говоров, характерных для южнорусских и среднерусских диалектов. По другой версии, Анисочка — производное от мужского имени Анисий (греч. «исполнение, завершение»). При этом на Руси была распространена и женская форма этого имени — Анисья, так что Анисочкой могли называть и женщину.

Существует также гипотеза о тюркском следе: имя Анисочка могло восходить к мусульманскому имени Анис, которое с арабского переводится как «близкий друг, товарищ». Наконец, нельзя полностью исключать связь с названием растения анис, которое использовали как лекарственное сырьё и приправу, — в таком случае прозвище могло относиться к человеку, связанному с его выращиванием или продажей.

Из всех перечисленных версий наиболее правдоподобной выглядит первая, через каноническое имя Онисим: именно такой путь — от полного церковного имени через уменьшительную форму к фамилии — типичен для русского ономастикона. Тюркская версия менее вероятна, так как фамилия Анисочкин распространена преимущественно в среде с русскими говорами, а не в тюркоязычных регионах.

О точном месте и времени возникновения фамилии Анисочкин говорить сложно: процесс формирования русских фамилий был длительным и завершился в основном к XVII–XVIII векам. Ясно одно: потомок человека по имени или прозвищу Анисочка со временем получил фамилию Анисочкин, и сегодня она остаётся памятником народной речи и традиции имянаречения.