Фамилия Анитин — редкий пример, где суффикс -ин указывает не на принадлежность отцу, а на профессиональную связь с женщиной. В отличие от привычных Иванов или Петров, где основа — мужское имя, здесь в основе лежит женское имя Анита. Это ставит фамилию в особый ряд: её родоначальник, скорее всего, был не сыном Аниты, а её мужем или работником.

Само имя Анита — западноевропейская форма библейского Анна, пришедшая в Россию через польское или немецкое влияние. В дворянской и городской среде XVIII–XIX веков такие имена давали дочерям в семьях, ориентированных на европейскую культуру. Поэтому Анитиными могли стать либо люди из обрусевших немецких колоний, либо представители мелкопоместного дворянства, где жену или дочь звали на иностранный манер.

Однако есть и более прозаичная версия. В южнорусских и украинских говорах «анита» могло быть диалектным прозвищем — например, искажённым «анид» (от «анидный» — противный, надоедливый) или производным от глагола «аниться» (упрямиться, капризничать). В этом случае фамилия Анитин означала бы «сын упрямого человека» или «потомок того, кого прозвали Анитой за характер».

Географически фамилия тяготеет к западным регионам: чаще всего она встречается в бывших польских губерниях (Витебская, Гродненская) и на юге России (Кубань, Ростовская область). Это подтверждает версию о польско-украинском корне.

С точки зрения словообразования, суффикс -ин здесь работает как притяжательный: «чей?» — Анитин, то есть «принадлежащий Аните». Но если бы фамилия образовывалась от мужского имени Анит (редкая форма от Иоаннит или Анисий), она выглядела бы так же. Различить можно только по косвенным данным: в старых метриках женское имя Анита встречается чаще, чем мужское Анит.