Фамилия Антонишина — одна из тех, что хранят в себе имя предка, но не прямо, а через уменьшительно-ласкательную форму. В её основе лежит каноническое крестильное имя Антоний (в бытовом русском произношении — Антон), а суффикс -ишин указывает на принадлежность: «чей?» — Антонишин, то есть сын или потомок человека, которого в семье называли Антонишей. Эта форма, Антониша, — неофициальное, домашнее производное от Антона, распространённое в южнорусских и украинских говорах, где суффикс -иша придаёт имени оттенок ласки или фамильярности (сравните: Миша, Гриша, но Антониша — более редкий вариант, как, например, Бориша или Филиппиша).

Словообразовательная модель здесь — типичная для русских фамилий на -ин. Она отличается от массовых фамилий на -ов/-ев тем, что образуется от основ, оканчивающихся на -а или -я. Если бы предка звали просто Антон, фамилия была бы Антонов. Но раз в основе лежит Антониша, мы получаем Антонишин. Женская форма Антонишина — это не отдельная фамилия, а грамматическое изменение той же самой, по правилам русского языка: она принадлежит женщине или является формой родительного падежа («жена Антонишина»).

Исторически фамилия могла закрепиться в среде, где были распространены «домашние» варианты имён. В документах XVII–XVIII веков, особенно в южных уездах России (например, на территории современной Белгородской, Воронежской, Курской областей), встречаются записи крестьян и однодворцев с подобными фамилиями. Антонишины, скорее всего, не принадлежали к высшему сословию: фамилии на -ин от просторечных форм имени чаще всего носили крестьяне, мещане или казаки. Дворянские роды предпочитали более «книжные» варианты вроде Антоновых или Антониевых.

В написании фамилии возможна путаница с похожими, но разными по происхождению вариантами. Например, Антонышев или Антонешин — это уже другие словообразовательные цепочки. Фамилия Антонишина встречается нечасто, что делает её ценной для генеалогии: чем реже фамилия, тем точнее она привязана к конкретному роду. Если вы ищете свои корни, стоит обратить внимание на переписи населения XIX века по Курской, Харьковской и Воронежской губерниям — именно там эта фамилия могла быть записана впервые.