Фамилия Антонишкины — это типичная «семейная» форма, то есть она отвечает на вопрос «чьи?» и указывает на принадлежность целому роду или домохозяйству. В основе лежит личное именование Антонишка. Так в старину могли назвать сына, внука или просто младшего родственника мужчины по имени Антоний. Антонишка — это не прозвище, а уменьшительно-ласкательная (или просто обиходная) форма того же крестильного имени, которое пришло на Русь вместе с христианством.

Само имя Антоний, по наиболее распространённой версии, восходит к латинскому корню, означающему «состязаться, вступать в бой». Однако в быту это значение, конечно, не осознавалось: Антонишкой звали обычного человека, и фамилия закрепилась за его потомками. Суффикс -ин в основе укаывает на принадлежность: «Антонишкин сын» или «Антонишкины дети». Со временем форма множественного числа — Антонишкины — стала родовой фамилией, характерной для северных и центральных областей России, где такие «фамилии на -их/-ых» были особенно распространены.

Говорить о точном месте и времени возникновения фамилии без архивных поисков сложно, но ясно одно: перед нами не искусственное, а живое, бытовое образование. Оно не связано с дворянским сословием или книжной традицией — такие фамилии обычно носили крестьяне, ремесленники или посадские люди. Антонишка, давший начало роду, мог жить в XVI–XVII веках, когда фамилии только начинали передаваться по наследству.

Стоит отметить, что фамилия Антонишкины — редкая. Она не попала в массовые списки, потому что образована от имени, которое в народе звучало как Антон, а Антонишка — форма более старая и менее употребительная. Поэтому носители фамилии, скорее всего, происходят из одной или нескольких соседних деревень, где это имя передавалось из поколения в поколение.