Фамилия Антонишкис — характерный пример фамилии литовского происхождения, которая попала в русский контекст через исторические процессы на западных границах империи. Её основа — мужское имя Антонис, литовский аналог русского Антон или латинского Antonius. Суффикс -ишк- (-išk-) в литовском языке — один из самых распространённых при образовании фамилий: он указывает на принадлежность или происхождение, примерно как русское «-ов» или польское «-ский». Таким образом, Антонишкис буквально означает «Антонов» или «сын Антона», но не по отцу, а по родовой или семейной связи.

Географически фамилия тяготеет к исторической территории Литвы и бывшей Виленской губернии, а также к районам, где после разделов Речи Посполитой селились литовские крестьяне и мелкая шляхта. В XIX веке, при введении обязательных фамилий в Российской империи, литовские патронимы на -ишкис нередко записывались в русских документах с искажениями или с русифицированным окончанием: вместо Антонишкис могли писать Антонишкевич или даже Антонов. Но форма на -ис сохранилась у тех, кто остался в литовской среде или эмигрировал.

Самый близкий и понятный русскому уху аналог — фамилия Антонов. Но разница не только в окончании: литовская модель не просто «чей сын», а «из рода Антона», что в крестьянской среде часто означало прозвище целой семьи. В отличие от польских фамилий на -ский, которые могли принадлежать шляхте, Антонишкис — однозначно демократическая фамилия: её носили крестьяне, ремесленники, возможно, мелкие арендаторы.

Интересная деталь: в литовском языке ударение в фамилии падает на предпоследний слог — Антони́шкис, тогда как в русском произношении его часто смещают на третий с конца. Искать носителей стоит в первую очередь среди потомков литовских переселенцев в Сибирь или Прибалтику, а также в эмигрантских общинах США и Канады. Написание с твёрдым знаком на конце (Антонишкисъ) встречается в дореволюционных метрических книгах, но в современной орфографии закрепился мягкий знак.