Фамилия Антонишко выделяется на фоне привычных русских фамилий суффиксом -шко, который указывает на её западнорусское или украинско-белорусское происхождение. В основе лежит крестильное имя Антон (от латинского Antonius, что означало «вступающий в бой» или «противоборствующий»). Суффикс -шко в украинской и белорусской традиции выполнял роль уменьшительно-ласкательного и часто обозначал сына или младшего родственника: Антонишко — это буквально «маленький Антон» или «сын Антона». Такая модель словообразования (имя + суффикс -шко) типична для западных регионов бывшей Речи Посполитой, где фамилии нередко фиксировали прозвища, а не сословную принадлежность.

Разница между Антонишко и, скажем, Антоновым — не только в суффиксе, но и в социальном контексте. Фамилии на -ов/-ев чаще встречались у крестьян центральной России после отмены крепостного права, тогда как Антонишко могло закрепиться как патроним ещё в XVI–XVII веках в среде казачества, мещан или мелкой шляхты на территории современной Украины, Беларуси и юго-западной России. В документах XIX века такая фамилия встречается в Волынской, Гродненской и Минской губерниях, а также на Слобожанщине.

Версия о том, что основа могла быть не от Антон, а от прозвища Антошка (через суффикс -ишко) маловероятна: суффикс -ишко в русском языке несёт уничижительный оттенок, а в украинско-белорусском -шко — нейтральный уменьшительный. Поэтому Антонишко — это не «плохой Антошка», а именно «сын Антона» или «маленький Антон» в ласковом смысле.

С точки зрения ударения, фамилия обычно произносится с ударением на второй слог: АнтонИшко, что тоже типично для украинских фамилий, где ударение редко падает на суффикс. В русской среде иногда смещают ударение на первый слог, но это вторично. Таким образом, Антонишко — яркий пример фамилии-патронима, сформированной не в великорусской, а в западнорусской ономастической традиции, и её носители — потомки людей, которых когда-то называли по отцу с ласковым оттенком.