Фамилия Антонишкина образована от именования Антонишка — уменьшительной формы крестильного имени Антоний. В основе этого имени лежит греческое слово «антео», то есть «вступать в бой, состязаться». Такая цепочка хорошо прослеживается: полное церковное имя Антоний в быту сокращали до Антон, а затем добавляли ласкательный суффикс -ишк-, получая Антонишка. Так на Руси называли ребёнка или младшего по возрасту человека, чтобы подчеркнуть его принадлежность к семье или общине.

Суффикс -ин в окончании указывает на принадлежность: Антонишкин — значит «сын Антонишки» или «из дома Антонишки». Женская форма Антонишкина закрепилась за носительницей по той же модели, что и у тысяч русских фамилий на -ин. Фамилия эта редкая, её географическое ядро, скорее всего, связано с западными или южными регионами России, где имя Антоний исторически было особенно популярно.

Интересно, что в народной памяти имя Антоний неразрывно связано с преподобным Антонием Великим, который, по преданию, принял постриг в пустынном ските и прожил там двадцать лет в уединении. Однако напрямую связывать фамилию с этим фактом не стоит: прозвище Антонишка давали не за святость, а в бытовом, семейном кругу. Фамилия Антонишкина — живой след того, как простое уменьшительное имя, пройдя через века, стало родовым знаком.