Оно представляет собой производную форму имени Амфилохий, которое в переводе с греческого означает «из Амфилохии (область в Греции)». Форма Апалат возникла в результате ряда модификаций имени Амфилохий: Амфилохий — Анфилат — Анпилат — Апалат. Согласно другой гипотезе, фамилия Апалат происходит от аналогичного прозвища. Оно может быть этимологически связано с украинским нарицательным «опалачка» - «корытце или посуда, в которой зерно очищают от лузги и мусора». Следовательно, Апалатом могли называть человека, занимавшегося очисткой зерна. Изменение гласных а/о можно объяснить процессами, происходившими в ходе развития языка.