Фамилия Апалайко звучит необычно для русского уха, и это прямой ключ к её происхождению. Её выдает суффикс -айко, который нехарактерен для великорусских фамилий, но типичен для украинской и белорусской ономастики. В этих языках суффикс -айко часто образует фамилии от личных имен или прозвищ, придавая им уменьшительно-ласкательный или шутливый оттенок (сравните с фамилиями Палайко, Грицайко, Макайко). Таким образом, перед нами украинская или белорусская фамилия, возникшая на территории, где говорили на западнорусских говорах.

Основа фамилии — Апалай. Это, скорее всего, производная форма от крестильного имени Аполлинарий (в просторечии — Аполлон) или от имени Павел, которое в украинском языке может звучать как Павло, а в уменьшительной форме — Павлюк, Павлик. Однако форма Апалай могла возникнуть и от глагола «палати» (гореть, пылать) в значении «тот, кто пылает», то есть горячий, вспыльчивый человек. В таком случае прозвище Апалай давали человеку с бурным темпераментом.

Версия с именем кажется более правдоподобной. Фамилии на -айко часто образовывались от народных форм имен. Например, имя Аполлон в украинской традиции могло трансформироваться в Апалай через замену звуков и усечение. Конечное -ко в фамилии Апалайко — это не уменьшительный суффикс, а показатель принадлежности: сын Апалая. То есть первоначально Апалайко означало «чей?» — «Апалаев», «потомок Апалая».

В письменных источниках фамилия встречается редко, что подтверждает её локальное происхождение. Географически она тяготеет к западным областям Украины и, возможно, к югу Беларуси. В современных базах данных носители фамилии Апалайко фиксируются преимущественно в Украине, что окончательно снимает вопрос о её «великорусском» следе.